Že od ustanovitve društva izvajamo osnovno in nadaljevalno izobraževanje iz homeopatije za zdravnike, zobozdravnike in farmacevte (do ustanovitve Slovenskega veterinarskega homeopatskega društva leta 2007 pa smo izobraževali tudi veterinarje). Sprejeli smo standarde izobraževanja Evropskega odbora za homeopatijo (ECH), decembra 2006 pa smo pridobili tudi akreditacijo ECH za izvajanje programov in preverjanje znanja iz homeopatije za zdravnike v Sloveniji. Triletno podiplomsko izobraževanje in usposabljanje poteka v obliki vikend seminarjev s teoretičnim in praktičnim delom. Poučujemo klasično homeopatijo. Naši predavatelji so priznani zdravniki homeopati iz Avstrije, Italije, Nemčije, Nizozemske, Slovenije in drugih držav. Na koncu triletnega izobraževanja zdravniki opravijo zaključni izpit in pridobijo Evropsko diplomo iz homeopatije.

Poleg tega smo si zadali še druge cilje in naloge. Prizadevamo si:

za ureditev zakonskega statusa homeopatije v naši državi – homeopatija kot del zdravstvene dejavnosti,
da bi imela javnost prave informacije o tem, kaj je homeopatija,
da bi homeopatijo približali ljudem in bi jo širša družba prepoznala kot koristen in uspešen sistem zdravljenja,
da bi imeli v Sloveniji visoko raven homeopatije, katere nosilci bi bili dobro izšolani zdravniki homeopati,
da bi jo poučevali na medicinski fakulteti,
za ohranjanje in razvijanje kulturne in zgodovinske dediščine homeopatije na Slovenskem.

Slovensko homeopatsko društvo je institucionalni član Mednarodnega združenja zdravnikov homeopatov (LMHI - Liga Medicorum Homeopathica Internationalis) in Evropskega odbora za homeopatijo (ECH - European Committee for Homeopathy).